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Nel 1555 due anni dopo la cifra del 1553 Bellaso pubblicò un fascicoletto di otto pagine intitolato Novi et singulari modi di cifrare de l'eccellente dottore di legge messer Giovanni Battista Bellaso nobile bresciano. In questo libricino Bellaso presenta un terzo e quarto modo di cifrare, con questo riassunto (oggi lo si direbbe un abstract):

Con le sue regole & essempi con somma & chiara breuità conposti, nei quali si dimostra anchora in che consista la perfettione de le cifre, & le regole, che si deueno principalmente osseruare nel cifrare gli alfabeti.

Il terzo modo ripropone la tavola del 1553 con diversi miglioramenti atti a renderla più sicura. L'esempio di tavola proposta è quello a lato dove i gruppi di due lettere non sono più in ordine alfabetico ma disordinati; per ricavare la tavola Bellaso usa come chiave mnemonica i primi versi dell'Eneide: ARMA VIRVMQVE CANO TROIAE QVI PRIMVS AB ORIS, ne estrae le consonanti non ripetute (ricordando che nel Cinquecento U e V erano ancora una sola lettera, scritta V maiuscola ed u minuscola, e considerata vocale) aggiungendo in coda le rimanenti: RMQCNTPSBDFGHLXYZ e le vocali AVIEO.

Quindi intercala tre consonanti e una vocale: ottenendo la lista RMQACNTVPSBIDFGEHLXOYZ che andrà scritta spezzata in due su due righe, come nella cifra del 1553.

La prima colonna si ottiene dalle stesse due liste, intercalando inizialmente una consonante e una vocale, e poi il resto delle consonanti

Si sceglie come contrasegno un versetto facile da ritenere a memoria, Bellaso usa questo salmo:

"Qui confidunt in domino sicut mons Sion non commouebitur"

e lo scrive ogni quattro lettere del testo chiaro, in pratica è come se ogni lettera del contrasegno venisse quadruplicata, dopo di chè si procede come nella cifra del 1553. Volendo cifrare il testo "Giulio Cesare sapendo de quanta importanza ..." si ottiene:

contrasegno Q V I C O N F I D V testo chiaro GIVL IOCE SARE YSAP ENDO YDEQ VANT AYIM PORT ANZA testo cifrato NQHP MSGN XDYT MLIH PDNM QNPY IXYZ DRQZ DCEZ FERF

Anche questa cifra si basa su liste involutorie ed è quindi simmetrica; per decifrare quindi si scriverà il testo cifrato sotto il chiave e si ricaverà il chiaro usando, allo stesso modo, la stessa tavola.

La cifra del 1555 presenta diversi vantaggi su quella del 1553: 1) la tavola è meno regolare; 2) il contrasegno è molto più lungo, ma usare un versetto noto è una possibile falla nel cifrario, il numero di contrasegni possibili diminuisce drasticamente e può essere indovinato.

Come la tavola del 1553 anche questa tavola può essere riordinata nello stile di una tavola di Vigenère disordinata, ma non troppo come si osserva nella tavola accanto.

In effetti la tavola ha una simmetria dovuta alla natura involutoria; e basterebbe la metà superiore per le operazioni di cifra e decifra, che come si è detto richiedono la stessa procedura; qui cercare la lettera del contrassegno tra le colonne e quindi quelle del chiaro/cifrato nella colonne sottostante/nelle intestazioni di riga, ricavando cifra/decifra.