Dal secolo XV al XVIII la diplomazia della Repubblica di Venezia usò come strumento crittografico principale, se non unico, il nomenclatore, un cifrario misto che consente diversi modi di cifrare, tutti per sostituzione con segni cifranti che possono essere lettere, numeri, segni geometrici o di fantasia:
Il numero di segni crebbe dai primissimi nomenclatori di inizio Quattrocento, poche decine, a quelli più ricchi, alcune centinaia di segni cifranti, da metà Cinquecento fino alla fine della Repubblica nel 1797. Il nomenclatore era scritto su un foglio, da tenere segreto e ben custodito che era detto scontro di cifra. Copia dello scontro era inviata per corriere agli ambasciatori, do ai capi militari.
L'evoluzione dei segni cifranti segue quella degli analoghi nomenclatori usati dalle cancellerie europee. I più antichi, da quello del doge Michele Steno del 1411 a quello del bailo di Costantinopoli dal quale è stato tratto il modello qui accanto, sono costituiti da segni di fantasia, geometrici, cerchi, croci con varie appendici, ma anche lettere latine o greche e cifre decimali.
L'operatore alla cifra deve cercare il segno nella lista cifrante e scriverlo sul dispaccio; questo richiede un notevole addestramento a leggere e scrivere segni, diversi da lettere e numeri, senza confonderli tra di loro. Ancor più complesso il lavoro dell'operatore della cancelleria del doge, dove i dispacci cifrati venivano decifrati; gli addetti dovevano cercare per ogni segno la lettera o gruppo corrispondente fino a recuperare il testo chiaro.
Intorno alla metà del Cinquecento compaiono finalmente nuovi nomenclatori che usano solo lettere e numeri semplificando scrittura e lettura dei dispacci; non è più necessario imparare a leggere e scrivere segni strani; inoltre diventa più facile la decifra, ed è possibile sdoppiare lo scontro in due parti ordinate alfabeticamente le lettere, numericamente i numeri: una con le lettere, parole e sillabe da cifrare, detta per scriuer (scrivere in cifra, cifrare) e l'altra ordinata allo stesso modo detta per trazer (decifrare).
All'inizio e fino al 1621 si preferiscono cifre miste alfabetiche e numeriche, una lettera seguita da un numero di una o due cifre, spesso scritto più in alto, a mo' di esponente. Le prime cifre a usare solo numeri sono quelle del Franceschi del falso scontro e delle caselle, usata per diversi anni come cifra di massima sicurezza dalle ambasciate di Francia, Spagna, Sacro Romano Impero e Costantinopoli, che usano operazioni aritmetiche per cifrare e decifrare, caso più unico che raro in questo periodo. Nel 1621 una commissione di tre nobili incaricata di riordinare il servizio cifre, propose una nuova cifra fatta di numeri di tre cifre decimali, dovuta a Ottsvisn Medici, da scrivere in modo continuo in modo da lasciare il dubbio se i segni cifranti siano fatti di 1,2 3, 4 cifre decimali. Dal 1621 al 1797 anno della fine della repubblica si useranno cifre del tutto simili a questa, addirittura dopo il 1680 le ambasciate tornarono a usare questa stessa cifra del 1621, tale e quale, indubbio segno del declino della crittografia veneziana.
I segretari della cancelleria o del senato addetti alle cifre erano chiamati deputati alle cifre un incarico formalizzato con un giuramento che li vincolava alla più assoluta segretezza.
Dopo Franceschi sono da ricordare il suo arci-rivale il notaio Pietro Partenio a sua volta inventore di codici moltoo riginalisovracifrati, come quello adottato nel 1595 con poca fortuna, al posto delle caselle, e di altre ingegnose cifre di falso scontro o non sospette (in pratica una forma di steganografia); tra Franceschi e Partenio, nel 1595-96, esplose una astiosa polemica che finì con l'abbandono delle cifre di entrambi e con l'inizio della decadenza della crittografia veneziana. Si diffusero nomenclatori sempre più semplici, come quelli ordinati che Partenio usava come prima cifra, usati a metà senza sovracifratura; come segni cifranti si usano semplicemente numeri di tre cifre, che permettono di avere un nomenclatore con un massimo di un migliaio di segni.
Nella prima metà del Seicento sono deputati alle cifre Piero Amai, pupillo del Franceschi, e Ottavio Medici pupillo del Partenio. Medici è l'ultimo cifrista veneziano capace di qualche invenzione come la sua cifra a dimensione variabile.
Nel Settecento si trovano sempre meno messaggi cifrati, segno di decadenza crittografica e forse anche del peso ormai sempre più ridotto della Serenissima Repubblica sullo scenario europeo. Nei cifrati di Sebastian Foscarini ambasciatore in Spagna la decifra della cancelleria è spesso scritta sulla pagina stessa del dispaccio; curioso il fatto che il cifrato fosse cancellato con un tratto spesso, evidentemente per evitare che qualcuno potesse ricostruire il cifrario dal confronto tra chiaro e cifrato. Precauzione inutile perché oggi gli inchiostri appaiono sbiaditi e il cifrato si legge facilmente. I cifrari appaiono ancora più deboli di quelli del Seicento, non vi è per esempio più traccia del dizionario, solo un alfabeto e un sillabario molto ordinati. Lo stesso Sebastian Foscarini passato a Vienna come ambasciatore presso il Sacro Romano Impero, non usa più cifre, i messaggi trovati sono tutti in chiaro.
In questa sezione verranno via via pubblicati cifrari e cifrati trovati all'archivio di Venezia.
Nel XIX e XX secolo le diplomazie usarono ancora molto i nomenclatori, ampliando sempre più il dizionario e rendendo sempre più voluminoso il cifrario, per il quale non basta più un foglio, ci vuole un volume che prende il nome di codice. Inevitabilmente da gruppi di tre cifre si passa a quattro e cinque cifre; a fine Ottocento diventano popolari cifrari pubblici come, in Italia, il Baravelli a 4 cifre e il Mengarini a 5 cifre.
Tra il 1865 e il 1885 si occupò dei nomenclatori veneziani Luigi Pasini (1835-1885) archivista all'Archivio di Stato di Venezia, che appassionatosi ai codici, studiò le chiavi (scontri) di cifra custodite all'archivio, e riuscì a ricostruirne alcune andate perse e a decifrare molti dispacci dei quali si era persa la decifra di cancelleria. Nel 1872 pubblicò un opuscolo nel quale riassumeva i risultati della sua ricerca. Stava lavorando a un'opera più ampia, in quattro volumi, ma la morte prematura nel 1885 interruppe la sua impresa e di questi volumi non si trova più traccia. L'opuscolo del 1872 resta l'unica opera specificamente dedicata alle cifre veneziane.
Alla pagina decifra un nomenclatore veneziano è possibile visualizzare e decifrare alcuni dispacci di ambasciatori veneziani a Roma, Parigi, Madrid, tra il XVI e XVIII secolo, conservati all'archivio di stato di Venezia.